1.基因选择的不同
转基因是指科学家利用技术将一种生物的一个或多个优良基因转移到另一种生物体内，使其获得新的性状。非转基因则是通过自然界的优胜劣汰来决定基因变化，没有人为有目的性的干扰。
2.植物生长周期的差异
转基因食物是在实验室中培育的，可能被人为地缩短作物的生长时间，加快成熟，从而让原本只在特定季节产出的作物能够全年供应。而非转基因植物的生长周期不会改变，需要一定的时间才能成熟，因此受到其自身的时间和地域的限制。
3.产量的差异
转基因植物由于在实验室中可以进行人为的控制与培养，不受自然条件的限制，因此产量较高且更为稳定。而非转基因植物容易受到环境变化的影响，导致产量较低且不稳定。